Tiền thân Đoàn khoa Y học cổ truyền (YHCT) – Đại học Y Dược TP.Hồ Chí Minh là Đoàn trường Trung Học Y Dược Dân Tộc TP.HCM, được thành lập 1981, sau một năm thành lập trường. Năm 1997, Đoàn trường Trung Học Y Dược Dân Tộc TP.HCM được đổi tên là Đoàn trường Trung Học Y Học Cổ Truyền Tuệ Tĩnh 2 cùng với việc đổi tên trường. Năm 1998, theo quyết định số 156/1998/QĐ-TTg của thủ tướng chính tướng, ngày 3 tháng 9 năm 1998, trường Trung Học Y Học Cổ Truyền 2 – Bộ Y Tế sát nhập cùng bộ môn Y Học Dân Tộc - trường Đại Học Y Dược TP.HCM trở thành khoa Y Học Cổ Truyền thuộc ĐH Y Dược TP.HCM và Đoàn thanh niên được đổi tên thành Đoàn TNCS khoa Y Học Cổ Truyền - ĐH Y Dược TP.HCM như hiện nay.
Hội Sinh Viên (HSV) Khoa Y học Cổ truyền trực thuộc HSV Việt Nam Đại học Y Dược TP. HCM. HSV là tổ chức chính trị - xã hội của sinh viên Việt Nam. HSV dần dần đã trở thành người bạn tin cậy của sinh viên, là diễn đàn, là môi trường, là ngôi nhà chung để sinh viên giao lưu, học hỏi, tự bồi dưỡng và giúp đỡ nhau trong học tập, rèn luyện. Vì vậy, cùng với HSV trường và Đoàn thanh niên Khoa YHCT, HSV Khoa YHCT đã xác định mục tiêu hoạt động: Đoàn kết, khuyến khích, giúp đỡ hội viên, sinh viên trong học tập và rèn luyện, hoàn thành nhiệm vụ của người sinh viên, góp phần xây dựng Khoa và nhà trường vững mạnh; Giáo dục lý tưởng, truyền thống đạo đức, lối sống và ý thức pháp luật cho hội viên, sinh viên; Phản ánh nhu cầu, nguyện vọng của sinh viên; tham gia đề xuất các chủ trương chính sách liên quan đến sinh viên.
Hiện nay, Công tác Đoàn – HSV khoa và các Câu lạc bộ (CLB) trực thuộc đóng vai trò quyết định trong việc giáo dục chính trị tư tưởng, tạo môi trường rèn luyện, học tập, sinh hoạt cho sinh viên khoa. Thời gian qua công tác đoàn đã nhận được sự quan tâm chỉ đạo kịp thời của Đoàn – HSV trường, cũng như Đảng ủy – Ban chủ nhiệm khoa đã tạo điều kiện thuận lợi tốt nhất cho các phong trào hoạt động.
Trong những học gần đây, Đoàn – HSV khoa đã tổ chức được nhiều hoạt động đa dạng, những sân chơi bổ ích không chỉ cho sinh viên khoa mà còn cho các khoa bạn sau những giờ học căng thẳng, tạo một môi trường học tập rèn luyện và vui chơi, phấn đấu và trưởng thành với một số hoạt động tiêu biểu sau đây:
Những thành tích đạt được: Đoàn – HSV khoa vinh dự nhận được nhiều bằng khen, giấy khen các cấp.